段祺瑞原本向袁世凯请了两个月的病假，期满后又续了两个月，日子久了，也就跟被革了职一样。直到1915年8月29日，他才被正式解除陆军总长一职，由王士珍接任。
9月间，在帝制派的策动下，各地出现了劝进热潮，就连很多反对帝制的人，或者为保身家性命，或者不舍名利地位，都违心地加入了这股热潮。
在袁氏幕府中，梁士诒是一个颇有见识也相对比较清醒的人，据说段祺瑞曾与之相约，说：“我一文一武，万不可赞成帝制，误袁氏。”现在一看若再不跟风操作就可能出局，梁士诒也赶紧跟上，亲自出面拼凑了一个帝制请愿团。
就连段祺瑞本人都无法免俗。虽然他已脱离陆军部，但身上还有袁世凯所赏的“管理将军府事务”，在幕僚们的劝说下，他只好以此名义列名劝进。不过此后就一直保持沉默，不再多言。
因为段祺瑞表现出的消极态度，以袁克定为首的极端帝制派对段祺瑞进行了威胁。段祺瑞曾收到一封匿名信，上面扬言段祺瑞若不识时务，将对他采取不利行动。段祺瑞当即昂然表示：“武人不怕死！”
段祺瑞铁了心不愿为袁世凯的帝制站台，他对谋士曾毓隽说：“你再见项城(袁世凯)，不必多费口舌，只听其发付就是。我生死且不计，何计较得失！”
曾毓隽将段祺瑞的话回复袁世凯，但袁世凯仍想让段祺瑞出山相助。这让曾毓隽感到非常为难，不得不求助于“小诸葛”徐树铮。
按照徐树铮之计，曾毓隽第二天去见袁世凯，说段祺瑞病情稍好后就会亲自前来拜见。如徐树铮所预料的那样，袁世凯听后很高兴，袁这边就算暂时先搪塞过去了。
段祺瑞已抱定决心，在袁世凯取消帝制之前，不管对他怎么威胁利诱，也不管授予多大官职，都不会替袁世凯出力，要他主动去拜见袁世凯更是不可能。对此，徐树铮也想好了办法，那就是在梁士诒等人面前散布谣言，说只要段祺瑞愿见袁世凯，袁世凯便会答应段祺瑞的一切要求，包括人事调整。
由于复辟帝制操作不力，梁士诒等人已有砸饭碗之忧，谣言一出，更怕段祺瑞出山后换了他们，所以忙不迭地向袁世凯进言，希望别召见段祺瑞。
袁世凯听进去了，很多天都没有再提召见段祺瑞之事，直到云南战事吃紧，他又想请段祺瑞出面维持，但仍被左右所阻。
1916年2月，袁世凯的北洋军在西南战场上屡战屡败，那些尚未独立的省份又消极抵制，不肯调兵相援。段祺瑞不但没有主动前来拜见袁世凯，而且公开提出，南北双方应当立即停战，维持共和，甚至另组新政府。在袁世凯看来，这一主张分明隐含着排斥袁世凯，逼其下台的意味，气得他大骂段祺瑞落井下石。
段祺瑞只是要缓解危局，真正落井下石的是没能在“二十一条”中得偿所愿的日本人。3月中旬，驻日公使向国内传来消息，说日本首相正在与大臣、元老们举行御前会议，计划以保护东亚为由，乘机出兵中国。听到这个消息后，袁世凯当晚就病倒了。
袁世凯的身体本来很好，载沣说他“现患足疾”，不过是要让他滚蛋的借口。二次出山后，袁世凯的健康和精神状况不是好，而是好得很，办公会客从无倦容，但自此之后，他开始忧危成疾，神情恍惚。直到临终之前，他还特地在案上留下遗书一封，上书：“为日本去一大敌！”